El fisioterapeuta autónomo vive con dos obligaciones legales que se confunden fácil: el RGPD de la historia clínica de sus pacientes y Verifactu de su facturación. Son cosas distintas, con plazos y lógicas distintas. Esta guía se centra en la segunda —Verifactu— y baja al detalle de tu caso: la exención de IVA sanitaria, los bonos de sesiones, las mutuas y qué cambia en tu día a día. El marco general está en la guía de Verifactu 2027.
Tu fecha según cómo estés dado de alta
- Fisioterapeuta autónomo (la mayoría): obligado desde el 1 de julio de 2027.
- Clínica de fisioterapia constituida como sociedad (SL): obligada desde el 1 de enero de 2027.
El Real Decreto-ley 15/2025 aplazó a 2027 el calendario inicialmente previsto —el detalle del calendario, en la guía de fechas de Verifactu—. Verifactu como tal lo regula el Real Decreto 1007/2023. Hasta tu fecha rige un periodo voluntario: puedes emitir ya en modalidad VERI*FACTU si tu software lo soporta.
A qué facturas aplica
A todas las que emitas con un programa informático: al paciente particular, a la mutua, a la empresa que te deriva trabajadores. Da igual el destinatario; lo que activa Verifactu es que uses software para facturar. Solo quedaría fuera quien facture 100% a mano, algo poco realista si llevas una agenda con cierto volumen. Y ojo con dos casos particulares: las empresas acogidas al SII quedan fuera de Verifactu, y en País Vasco y Navarra rigen sus propios sistemas (TicketBAI y el navarro), no este.
La exención de IVA sanitaria (art. 20 LIVA) y qué cambia con Verifactu
La asistencia a personas físicas por profesionales sanitarios con finalidad terapéutica —diagnóstico, prevención y tratamiento— está exenta de IVA por el artículo 20.Uno.3º de la Ley del IVA. La fisioterapia entra de lleno cuando el fin es terapéutico: recuperación de una lesión, tratamiento de dolor, rehabilitación.
Dos matices que conviene tener claros (y confirmar con tu gestoría en tu caso):
- No todo lo que haces en la camilla está exento. El criterio de Hacienda distingue por finalidad: los servicios sin fin terapéutico —bienestar general, estética, rendimiento deportivo puro— tributan al tipo general de IVA. Si mezclas ambos tipos de servicio, tu facturación debe reflejar cada uno con su tratamiento.
- Exento de IVA no significa exento de facturar. La asistencia sanitaria es de las operaciones exentas que sí obligan a expedir factura. En tu factura la operación aparece como exenta, con la referencia a la exención, en lugar de con cuota de IVA.
¿Y qué cambia Verifactu aquí? Nada en la exención y todo en el soporte: la factura exenta también genera su registro de facturación encadenado, con hash, firma y QR, exactamente igual que una con IVA. El registro recoge el régimen de la operación (exenta o no), así que un software conforme te resuelve el desglose sin que tengas que pensarlo en cada sesión.
Facturar a mutuas y aseguradoras vs paciente privado
En una consulta de fisio conviven dos flujos de facturación muy distintos, y Verifactu aplica a los dos:
- Paciente privado. Te paga directamente. Con carácter general te vale una factura simplificada (más abajo entramos en cuándo), y si trabaja con un seguro de reembolso te pedirá factura completa con sus datos para presentarla a su aseguradora.
- Mutua o aseguradora. El destinatario es una empresa, así que la factura es completa, con la razón social y el NIF de la mutua, normalmente agrupando las sesiones autorizadas del periodo según el acuerdo que tengas con ella. Cada mutua tiene sus manías administrativas (volantes, autorizaciones, plazos), pero fiscalmente es una factura como cualquier otra: con Verifactu, genera su registro encadenado al emitirse.
El punto práctico: si hoy llevas las mutuas en un Excel "para cuadrar a fin de mes" y las facturas del privado en otro programa, en 2027 todo lo que salga por software tiene que salir conforme. Es buen momento para unificar en un solo sistema de facturación en vez de mantener dos circuitos.
Bonos de sesiones: ¿factura por bono o por sesión?
El bono de 5 o 10 sesiones es el pan de cada día en fisioterapia, y es la duda estrella con Verifactu. Las dos prácticas habituales:
- Cobras el bono por adelantado. Es un pago anticipado: lo normal es emitir la factura en el momento del cobro del bono, por su importe total, y luego ir descontando sesiones a medida que las prestas, sin emitir factura nueva por cada una. El control de sesiones consumidas lo llevas tú: es gestión interna, no facturación.
- Cobras sesión a sesión. Entonces facturas cada sesión cuando se presta y se cobra. Más facturas, pero cada una refleja un servicio ya realizado.
Ambas fórmulas son compatibles con Verifactu. Lo que cambia es lo que ya no puedes hacer: emitir la factura del bono, que el paciente lo cancele a la tercera sesión, y "arreglarlo" borrando la factura original y haciendo otra. Con el registro encadenado, la factura emitida queda; la corrección se hace con una factura rectificativa, que genera su propio registro y deja la trazabilidad completa. Es más ordenado, pero exige que tu software haga rectificativas bien, no que te obligue a trucos.
Un detalle a vigilar con tu gestoría: si vendes bonos que mezclan servicios exentos (tratamiento) y no exentos (por ejemplo, masaje de bienestar), el desglose del bono debe reflejar cada parte con su régimen.
Qué debe cumplir tu software de facturación
Es responsabilidad de tu proveedor, pero conviene que lo sepas para exigirlo:
- Firma electrónica y hash encadenado en cada registro: inalterable y trazable.
- Código QR verificable en la sede de la AEAT y la mención "VERI*FACTU".
- Modalidad con envío a la AEAT en tiempo real, o sin envío conservando los registros inalterables.
- Facturas rectificativas bien resueltas: con bonos y mutuas las vas a necesitar.
Tu día a día hoy vs con Verifactu
| Cómo facturas hoy | Qué pasa con Verifactu |
|---|---|
| Talonario en papel | Facturar 100% a mano queda fuera de Verifactu, pero es insostenible con volumen: sin copia digital, sin búsqueda, sin resumen para la gestoría. Si algún día usas software, entras en la obligación. |
| Excel o Word con un modelo de factura | Es software: entra de lleno en Verifactu, y un Excel no puede generar registros encadenados con hash y QR. Es el caso que sí o sí tiene que migrar antes de tu fecha. |
| Programa de facturación antiguo (sin actualizar) | Depende del fabricante: si no lo adapta al RD 1007/2023, usarlo tras tu fecha te expone al 201 bis LGT. Pide confirmación por escrito o cambia. |
| Software de gestión de clínica con facturación integrada | El escenario cómodo: agenda, paciente y factura en el mismo sitio, y la adaptación Verifactu la resuelve el proveedor. Verifica que esté en su hoja de ruta con fecha. |
¿Factura simplificada o completa en la consulta privada?
Para el paciente que paga su sesión y no necesita nada más, la factura simplificada —lo que coloquialmente se llama "ticket", aunque con requisitos— es suficiente con carácter general dentro de los límites de importe del Reglamento de facturación (RD 1619/2012) — confirma el umbral vigente con tu gestoría. Cubre la sesión suelta y la mayoría de bonos pequeños.
Necesitas factura completa (con nombre, NIF y domicilio del destinatario) cuando:
- El destinatario es una empresa o profesional: mutuas, aseguradoras, clubs deportivos, la empresa que te deriva a sus trabajadores.
- El paciente te la pide — típicamente para el reembolso de su seguro de salud.
- El importe supera el umbral de la simplificada.
Con Verifactu la distinción no desaparece, pero pierde dramatismo: las dos generan registro encadenado. La diferencia queda en qué datos lleva la factura, no en si "cuenta" para Hacienda: cuenta siempre. Si dudas de un caso concreto (bonos grandes, pagos mixtos mutua+paciente), es pregunta de dos minutos para tu gestoría.
No confundas Verifactu con el RGPD de tus pacientes
Es el error más común en el sector sanitario. Son dos obligaciones separadas:
- Verifactu → tu software de facturación debe ser inalterable. Norma: Ley Antifraude / RD 1007/2023.
- RGPD → tu historia clínica (dato de salud, categoría especial del artículo 9) debe tratarse con base legal, encargado del tratamiento firmado y medidas de seguridad.
Cumplir una no te exime de la otra. Si quieres el detalle de la parte de datos clínicos, está en la guía de historia clínica y RGPD en fisioterapia.
Checklist: prepárate en 5 pasos (autónomo → 1 de julio de 2027)
- Hoy: confirma tu fecha. Autónomo: 1 de julio de 2027. Sociedad: 1 de enero de 2027. Si eres autónomo pero estás valorando pasar a SL antes de 2027, tenlo en cuenta: la SL adelanta tu obligación seis meses.
- Este trimestre: haz inventario de cómo facturas. Privados, mutuas, bonos, empresas. Anota con qué herramienta sale cada factura (Excel, programa, papel). Todo lo que sea software entra en Verifactu.
- Antes de fin de 2026: pregunta a tu proveedor, por escrito. ¿Tu programa cumplirá el RD 1007/2023 y en qué fecha? Si la respuesta es vaga o no llega, empieza a mirar alternativas con margen.
- Primer semestre de 2027: migra y prueba en el periodo voluntario. Puedes emitir en modalidad VERI*FACTU antes de estar obligado. Úsalo para rodar tus casos reales —un bono, una rectificativa, una factura a mutua— sin la presión de la fecha.
- 1 de julio de 2027: todo lo que emitas por software, conforme. Y de paso, revisa con tu gestoría el desglose exento/no exento de tus servicios, que es el flanco fiscal típico de una consulta de fisio.
Lo que de verdad llena tu agenda
Verifactu hay que cumplirlo, pero no te trae pacientes. Lo que reduce huecos en una consulta de fisio es la gestión de citas, los recordatorios y la adherencia al tratamiento. Si quieres trabajar eso, mira qué debe tener tu software de gestión para fisioterapia.
Cómo encaja con el Sistema de Intelidatia
Intelidatia monta tu web, tus reservas online y tu panel de gestión de pacientes con tu marca: la capa que te llena la agenda y reduce las ausencias. Estamos construyendo un módulo de facturación pensado para VeriFactu (RD 1007/2023) sobre ese mismo panel, que activaremos cuando esté listo. Hoy el Sistema no sustituye a tu programa de facturación actual. No usamos el término "homologado": la norma se basa en una declaración responsable del fabricante, no en una homologación previa de Hacienda. Esto no compite en el ranking de qué automatizar primero: es aparte. Cuéntanoslo en una llamada de 10 minutos y lo vemos aplicado a tu consulta, dentro del Sistema completo.
Guía informativa según la normativa vigente a 2 de julio de 2026 (fuentes AEAT y BOE). No es asesoramiento legal ni fiscal: confirma con tu gestoría cómo te afecta en tu caso, en especial la exención de IVA de tus servicios concretos.